Таинственная глобальная катастрофа поставило человечество на грань выживания. Плюс к этому, оставшихся в живых людей атакуют страшные существа с небес — «Ангелы». Единственные, кто способен противостоять им — это роботы системы «Евангелион». Они пилотируются людьми, которые полностью синхронизируют себя с машинами и управляют ими как собственным телом. Концовка оригинального сериала кажется радужной, но мрачное аниме «Конец Евангелиона» выдвигает иную версию произошедшего. Сюжет переплетается с событиями сериала, говоря то, что не было сказано. Это как бы вид снаружи — на переживания главных героев, их личные трагедии.