Четвертый фильм, основанный на комиксах о боевых и очень милых мутантах. Дружная семья Черепашек-Ниндзя фактически распалась. Рафаэль целыми днями спит, а по ночам карает преступников, Дон работает через интернет, а Майки подрабатывает на детских праздниках. Лидер банды Леонардо ушел от приемных братьев и отца Сплинтера жить в южноамериканские джунгли. Он ищет самого себя, защищает местных жителей от злодеев и носит новое имя «Призрак Джунглей». Эйприл О'Нил, которая работает археологом, приезжает проведать приятеля и рассказывает ему о том, что произошло за время его отсутствия. Растроганный Лео возвращается в семью и очень вовремя. Макс Винтер, начальник Эйприл, выпускает на волю 13 монстров, заточенных в камень на протяжении долгих лет.